Уточняющие члены обособляются, если они являются обстоятельствами места и времени и стоят после уточняемого слова.
Шкатулку поставили на стол, рядом с цветком герани, и в конце концов забыли о ней.
Уточняющие члены обособляются, если они являются обстоятельствами или дополнениями с предлогами несмотря на, например, кроме, помимо, вместо, исключая, за исключением, включая, наряду с, сверх, то есть, а именно и др.
Исток, то есть начало реки, часто трудно бывает найти.