При выборе буквы мы обычно исходим не из значения суффикса. Сформулируем правило и воспроизведём ход рассуждения.
Обозначим гласную в суффиксе х (икс). Действительно, на слух и/е и ы/о могут не различаться или различаться недостаточно. Например, в глаголах проб..вать и заканч..вать.
х = и/ы, если в форме 1-го лица суффикс сохраняется.
х = е/о, если в форме 1-го лица суффикса нет.
Образец рассуждения.
1. Заканч..вать. Гласная = х. 1-е л.: заканчиваю. Значит, х = и.
2. Проб..вать. Гласная = х. 1-е л.: пробую. Значит, х = 0.