В сложных предложениях с различными видами связи знаки препинания между предложениями, входящими в их состав, ставятся по тем же правила пунктуации, что и в сложных союзных или бессоюзных предложениях.
Если в сложном бессоюзном предложении с различными видами связи рядом окажутся сочинительный и подчинительный союзы, то запятая между ними ставится, если после придаточного нет второй части двойного союза то, так или союза но. Сравните:
Надвигалась гроза, и, когда тучи заволокли всё небо, стало темно, как в сумерки.
Надвигалась гроза, и когда тучи заволокли всё небо, то стало темно, как в сумерки.