Простые предложения в сложноподчинённых связаны друг с другом интонацией и союзами что, чтобы, потому что, если, когда, будто, как будто и др., а также местоимениями где, который и др. Простые предложения в составе сложного обычно отделяются друг от друга запятыми.
1) Анфиса поняла, что они пролетают над фронтом. (К. Паустовский)
2) Я хочу, чтобы вы были хозяевами неба. (Д. Гранин)
3) Когда наступает весна, молодеют, краснеют стволы. (С. Маршак)