1. В сложных предложениях с разными видами связи знаки препинания ставятся по тем же правилам, что и во всех сложных предложениях.
Когда пароход остановился против красивого города, среди реки, тесно загромождённой судами, ощетинившейся сотнями острых мачт1, к
борту его подплыла большая лодка со множеством людей, подцепилась багром к спущенному трапу2, и один за другим люди из лодки стали подниматься на палубу3. (М. Горький)
(когда ... )1, [ ]2, и [ ]3.
Наташа нашла с помощью Сони и горничной положение зеркалу1; лицо её приняло серьёзное выражение2, и она
замолкла3. (Л.Н. Толстой)
[ ]1; [ ]2, и [ ]3.
Буркин и Иван Иваныч вышли на балкон1; отсюда был прекрасный вид на сад и на плёс2, который теперь на солнце блестел, как зеркало3. (А.П. Чехов)
[ ]1; [ ... сущ.]2, ( который ... )3.
2. В сложных предложениях с сочинительной и подчинительной связью рядом могут оказаться сочинительный и подчинительный союзы. Между этими союзами запятая ставится тогда, когда после придаточной части нет второй части двойного союза (то, так) или союза но.
Я помогал Степану1, это мне нравилось2, и, когда он уходил куда-нибудь3, я охотно оставался вместо него4. (А.П. Чехов)
[ ]1, [ ]2, и, (когда ...)3, [ ]4.
Анна Сергеевна смотрела в лорнетку на пароход и на пассажиров, как бы отыскивая знакомых1, и когда обращалась к Гурову2, то глаза у неё блестели3. (А.П. Чехов)
[ ]1, и (когда ...)2, [то ]3.